磷酸化蛋白质组
翻译后修饰是蛋白质调节功能的重要方式，在生命现象的许多关键调节机制中，蛋白质的磷酸化是重要的翻译后修饰，它与信号传导，细胞周期，生长发育以及癌症机理等诸多生物学问题有密切关系。
SILAC定量蛋白质组
2002年，丹麦Mann实验室的OngSE等对AACT技术作了进一步改进，建立了SILAC技术并首次应用于定量蛋白质组研究，为全面、系统地定性和定量分析复杂哺乳动物细胞蛋白质组提供了有效的方案。
蛋白质串联质谱（MALDI-TOF/TOF）鉴定
ABI 5800 Plus MALDI TOF/TOF™是世界上最畅销的基质辅助激光解离飞行时间质谱系统，测定生物大分子的最大分子量可以达到600kDa，而且具有极高的灵敏度，能够分析fmol级别的蛋
蛋白质修饰底物与PTM催化酶的底物高通量鉴定
iTRAQ/TMT蛋白组定量分析 SILAC蛋白组定量分析 Label Free非标定量分析 半定量分析（spectral count） 鸟枪法蛋白全谱分析 2D蛋白胶点鉴定 单一蛋白高覆盖度分析
iTRAQ定量蛋白质组
基于对肽段的NH2-进行标记，将来自不同样品的同一个肽段做上不同的标记，通过标记物质的含量来指示肽段的含量，并根据肽段含量推断出对应蛋白质的含量。